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MG-RAST生物信息平台与高精度宏基因组培训通知

2014-10-16 分享到:

  主办单位:中国土壤学会青年工作委员会 

                      中国微生物学会环境微生物专业委员会 

                      江苏省土壤学会土壤微生物专业委员会 

  承办单位:中国科学院南京土壤研究所 

  培训班简介: 

  一、MG-RAST生物信息平台与高精度宏基因组简介 

  宏基因组及海量数据分析是未来重要的科学前沿。例如,每克土壤通常含有10亿微生物,每个微生物平均4000个基因,宏基因组即可针对这4万亿个基因进行分类,并挖掘其功能。然而,地球环境中最高可达99%的微生物难以分离,功能未知。在没有参考序列的条件下,如何对海量的环境微生物遗传信息进行储存、分类和比较分析,是研究难点。MG-RAST(Metagenomic for Rapid Annotations using Subsystems Technology)则能有效解决这一问题,特别适用于非生物信息专业实验室,极大促进了宏基因组的科学研究与技术应用。 

  MG-RAST专门针对非生物信息研究人员,是目前国际上兼具储存与分析的唯一宏基因组技术平台,由美国阿贡国家实验室Folker Meyer教授于2007年开发,迄今已经免费注释超过4000亿基因。据估算,这一数据运算量如租用美国亚马逊平台完成,耗资将超过1亿美元。利用MG-RAST可视化的网络分析平台,用户可创建账户,提交原始数据,通过一系列简单操作,即可完成宏基因组和转录组的基因功能预测注释,代谢网络重构。该平台特别提供了MetaData样品背景信息,引入了Greengenes和RDP等数据库,可同时开展16S rRNA基因水平的系统发育分类研究。目前,MG-RAST3.5版本已经整合了国际上著名的SEED, KEGG, GO等数据库,帮助分析人员摆脱了对复杂生物信息学分析软件的依赖,使得宏基因组和转录组成为一种常规数据分析。 

  高精度宏基因组特指具有明确科学或技术问题导向的宏基因组研究,能够极大降低传统宏基因组的复杂度,显著提高其科学研究与应用开发价值。例如,每克土壤中基因数量最高可达4万亿,目前条件下很难整体破译所有功能基因,特别是数量少,但功能重要的基因。因此,通过对复杂环境样品进行特定处理,如针对病原微生物滤膜处理,针对互营菌的共生培养以及免培养策略等,即可定向培育目标微生物群落,开展高精度宏基因组分析挖掘。然而,环境样品定向处理通常会影响微生物群落基因组DNA质量,为下游分析带来较大影响。 

  据此,我们特别邀请了Folker Meyer教授及其团队开展MG-RAST培训,系统讲解MG-RAST可视化网络分析平台的基本操作、数据分析、核心问题及应对策略;同时,以南京土壤研究所稳定性同位素核酸探针为基础的13C-DNA宏基因组为例,重点解析高精度宏基因组的DNA纯化、全基因组扩增、高通量测序及分析的理论及应用。培训拟定于2014年11月3日-5日在南京举行。 

  二、培训内容简介(自带笔记本电脑): 

  (1)MG-RAST概览与用户界面 

  ? 浏览与公共数据库检索; 

  ? 平台优缺点简介;数据挖掘的框架设计 

  ? 探针设计与检索。 

  (2)在线数据分析与比较 

  ? 基本概念; 

  ? 参数设置;多样本比较 

  ? 数据格式与输出 

  (3)R软件界面 (matR)与API应用程序接口 

  ? 如何在MG-RAST中使用R软件; 

  ? MG-RAST 的API应用程序接口参数设置 

  ? 简单脚本命令及API应用 

  ? MG-RAST与其它平台的兼容性输出模式 

  (4)样本背景信息(Metadata GSC---Standards and Data Submission) 

  ? 基因组标准协会与宏基因组 

  ? MetaZen格式与样品信息 

  (5)专业讲座 

  ? 序列异常及溯源(新一代测序常见问题及对策) 

  ? 序列拼接与组装的条件分析 

  ? MG-RAST的具体功能 

  ? MG-RAST的扩展功能 

  (6)高精度宏基因组讲座 

  ? 高精度宏基因组简介(Targeted Metagenomics/High-Resolution Metagenomics) 

  ? 稳定性同位素示踪13C-DNA的高精度宏基因组技术要点 

  三、专家简介: 

  Folker Meyer教授及其团队成员,Andreas Wilke博士,Darlyn Mishur 博士 

  Meyer教授主要负责讲解MG-RAST。是MG-RAST可视化网络平台的创始人,阿贡国家实验室基因组与系统生物学研究所副所长,生物与环境战略科技先导团队负责人,芝加哥大学计算科学研究所兼职教授,国际基因组标准委员会Genomic Standards Consortium (GSC)的主要成员。 

  贾仲君研究员主要负责讲解高精度宏基因组。近3年发表论文50余篇,包括国际微生物生态ISMEJ刊物5篇,担任了地球科学Biogeosciences(2011)和微生物学The Journal of Microbiology(2013)两份SCI期刊的领域编委,美国微生物学会AEM编委(2015-)。 

  四、培训时间: 

  ? 2014年11月3日至5日(星期一至星期三) 

  五、培训地点与费用: 

  ? 培训地点:中科院土壤与农业可持续发展国家重点实验室、土壤所分析测试中心 

  ? 培训费用:人民币800元。食宿自理。培训费请汇款至如下账户: 

  账 户 名:中国科学院南京土壤研究所 

  银行账号:4301010809001045180 

  开户银行:中国工商银行南京成贤街支行 

  (汇款时请在备注栏注明会议名称“MG-RAST生物信息培训”) 

  六、报名截止时间:2014年10月31日 

  七、报名方式: 

  1.联 系 人:郭志英;zyguo@issas.ac.cn 

  2.联系电话:025-86881850 

  八、报名表(邮件主题栏内请注明“MG-RAST培训报名”) 

  

  

  MG-RAST生物信息平台与高精度宏基因组培训(报名表)