主要研究土壤微生物生物多样性与环境变化的关系、微生物在土壤矿质元素循环及污染物迁移转化中的作用、微生物种质资源的开发与利用；土壤中有机质的组成、性质、分解转化及与土壤发生和土壤肥力的关系；土壤生态系统演变过程与稳定性机制及其调控原理与技术。 
学术带头人及主要研究方向 
董元华研究员，研究室主任，博士生导师：土壤生态系统过程与调控 
林先贵研究员，博士生导师：土壤微生物多样性及其生态功能 
李忠佩研究员，博士生导师：土壤有机物质转化及土壤功能演变

褚海燕研究员，博士生导师：环境微生物